从理论上看来，无论是子目录的建设还是子域名的建设，都是建设一个新的网站，因此在权重上并没有高低之分。但在实际的操作中，两者面对搜索引擎给予的权重却截然不同，主要表现在网站优化的前后期：
1、子目录：如果建设子目录网站，首先要清楚的认识到主站是否有足够的权重，然后再去建设。如果主站都没有什么权重，或者被K、被封杀，这个时候还要一意孤行的建设子目录网站，做事必然事倍功半。所以说，建设子目录网站，主站的权重高低直接影响到子目录网站继承到的权重。因此，在网站建设前期，子目录网站虽说是个新站，但还是会继承到主站的部分权重利弊。子目录网站起点更高，也更容易得到排名，或许这就是搜索引擎优化中的“爱屋及乌”吧。
2、子域名：事实上，笔者不建议草根站长们建设子域名的网站，但仍旧要说一下其特点：网站领域的扩充，类似于公司建设子公司一样。如现在的腾讯、百度、a5等等大型的网站都需要进行业务的延伸，所以建设了大量的子域名不同类型网站。因为品牌的知名度，所以子域名网站也更易被人接受，而非如一般全新的网站需要逐步的深入人心。可若论及优化，子域名网站则要不及于独立顶级域名与子目录网站，原因为何：
(1)：起点低是最严峻的挑战，相当于一个新站需要很久的优化来增加权重，除非主站权重特别大，如“***.baidu.com，**.qq.com”等等，搜索引擎会给予一定的权重。但我们大部分的站长，又有几家可以将一个域名做的深入人心的品牌化?因此笔者建议：草根站长选择子域名网站建设，远不如重新选择顶级域名或者选择可以继承主站的子目录网站。
(2)：关键字的竞争压力，现在各行各业遍布着不计其数的网站，而大部分都选择了“WWW”域名去建设(世界万维网服务)，而你选择自身杂乱子域名建设可以跻身进去吗?竞争不是很激烈的关键字或许一试，但若面对高权重的关键字，除去“www”，其他子域名类型的网站则很难排上号，毕竟搜索引擎还是需要维护“www”服务的权威性的。
而反观那些子目录的网站，则有着非常不错的表现，如SEO界中的“SEOwhy”不就是一个有力的证明吗?或许还有一些其他的子域名网站排名更靠前，但那些网站哪一个不是拥有着赫赫威名?即使一个新的子域名都会被给予可怕的权重。
